港澳集装箱备案和港澳线普货备案都是进口货物通关的必要程序，但两者之间还是存在着一些差别。

1.备案申请对象不同

港澳集装箱备案是由进口企业或代理报关企业向中国海关进行报送，以备案核销为主要目的；而港澳线普货备案则是由中港澳海关之间进行申报，以货物通关为主要目的。

2.备案内容不同

港澳集装箱备案的内容主要包括进口货物的集装箱尺寸、数量、唛头、货物品名及其包装等信息；而港澳线普货备案的内容则涉及进口货物的各项关税、税率、征收情况等税务内容。

3.备案时限不同

一般而言，港澳集装箱备案的时间限制为船舶到港前必须完成，否则可能会影响货物通关；而港澳线普货备案的时限则会根据具体货物的税款情况而定。

4.备案作用不同

港澳集装箱备案主要是为了备案核销，以便在后续的通关过程中无需确认集装箱信息；而港澳线普货备案则是在进口货物申报时必不可少的前置程序，这是关税征收、风险管控的重要手段之一。

港澳集装箱备案和港澳线普货备案都是进口货物通关的必要程序，但两者旨在解决的问题、申报的内容、备案时间节点以及备案后的作用却区别较大。在实际操作过程中，企业应当充分熟悉两者之间的差别，以便更好地进行申报操作和后续通关工作。