办理国际货运代理企业备案需要按照以下步骤进行：

1、准备材料：准备好企业的相关证件和文件，包括营业执照、组织机构代码证、税务登记证等；同时还需要准备企业的证明信、法定代表人身份证明等个人材料。

2、登录政府相关网站：根据所在地区的要求，登录相关政府网站或电子平台，进行企业备案申请。

3、填写备案信息：根据网站要求，填写企业的基本信息、经营范围、注册资本等相关内容。

4、上传证件材料：将企业的证件材料扫描或拍照，并按照要求上传到网站上。

5、确认申请：确认备案信息无误后，提交申请，并按要求支付相应的费用。

6、等待审批：政府相关部门会对企业备案申请进行审查，此过程通常需要几个工作日至几个月不等。

7、审批结果通知：一旦审批结果出来，部门会通过邮件、短信或网站通知企业备案结果。

8、办理手续：如果备案申请被批准，企业需要按照要求办理相关手续，如领取备案证书、办理税务登记等。